理学部 于 1939 年建立，是九州大学偏重于理论研究和进行本科生教学的学部。设有物理、化学、地球行星科学、数学、生物 5 系 51 个讲座。该学部设有下列附属研究部门。
医学部 发源地是以医学博士大森治丰为院长的福冈县立医院，后几经变迁，成为九州大学的重要学部，从中先后分化出药学部、牙科学部，并成立了胸部疾病研究等部门，医疗技术短期大学部，放射线诊疗技工学校，卫生检查技工学校，护理学校，以及生物体医学防治研究所、遗传情报实验室等研究机构。
农学部 建校时仅有农学 1 学科，以后陆续啬了农艺化学、林学、水产学、农业工程、畜牧学、农业经济、林产学、粮食化学工程等学科。附设有农场（内有若干亩旱、水田耕地、果树园、桑园、牧场等）， 5 处实习林场、水产实验所（内有标本室、实验室、图书室和 2 艘调查船），生物防治研究设施，生物学实验所，遗传资源研究中心（包括动物、植物、微生物等重点遗传资源）。
工学部 为九州大学规模最大的学部，设有土木、电子、机械、采矿、应用化学、造船、航空、通讯、原子核等工程学科共 124 个讲座，附设有研究教学中心，承担全国许多重点研究课题。
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